Aligatorske makaze koriste hidraulički pogonski sistem; njegov osnovni mehanizam uključuje hidrauličku pumpu koja stvara pritisak za pokretanje hidrauličkog cilindra, stvarajući tako silu smicanja zasnovanu na polugi. Tokom rada, uređaj za držanje prvo osigurava metalni materijal na mjestu; nakon toga, glavni cilindar pritiska pokreće pokretnu oštricu (gornju oštricu) prema nepokretnoj oštrici (donja oštrica), siječeći metal pod ogromnom silom smicanja. Mašina je dobila ime po sličnosti njenog strukturnog djelovanja sa otvaranjem i zatvaranjem čeljusti aligatora.
Aligator makaze nude tri načina rada: inching, poluautomatski i potpuno automatski. U inch modu, dugme za smicanje mora biti neprekidno pritisnuto da bi mašina radila. U poluautomatskom načinu rada, jedan pritisak na dugme pokreće jedan kompletan ciklus striženja. U potpuno automatskom načinu rada, mašina radi kontinuirano bez pritiskanja gumba, automatski kruži kroz niz stezanja (uređaj za držanje se spušta), smicanja (oštrica se spušta), otpuštanja (uređaj za držanje i oštrica se uvlači) i ponovnog stezanja.
U poređenju sa škarama na mehanički pogon, hidraulički sistemi nude prednosti kao što su kompaktna veličina, mala težina, niska inercija, niska buka, nesmetan rad, jednostavnost upotrebe i jednostavna implementacija zaštite od preopterećenja. Napredni modeli uključuju kola brzog djelovanja (npr. korištenje razdjelnika ventila velike brzine) kako bi se povećala brzina smicanja povećavajući brzinu sa 8 na 12 rezova u minuti bez povećanja snage motora ili pomaka pumpe - čime se povećava produktivnost. Hidraulički sistemi obično koriste kertridž ventile, koji nude prednosti kao što su jednostavna konstrukcija, otpornost na kontaminaciju i brzo vreme odziva.
Rukovaoci moraju ostati potpuno fokusirani i držati svoja tijela podalje od pokretnih dijelova opreme i zone rezanja kako bi spriječili ozljede od povratnog udarca ili pucanja materijala. Odgovarajući način rada treba odabrati na osnovu oblika i stabilnosti materijala, a opasne radnje – kao što su vađenje predmeta ili podešavanje – moraju se izbjegavati unutar radnog raspona mašine.